Atualmente o NEA conta com os seguintes centros, grupos de pesquisa e laboratórios:
CENTRO DE ESTUDOS ESTADUNIDENSES (CEU), sob a Coordenação do Profº Dr. Thomas Heye
CENTRO DE ESTUDOS ESTRATÉGICOS E PLANEJAMENTO ESPACIAL MARINHO (CEDEPEM) sob a Coordenação Geral da Profª Dra. Etiene Villela Marroni e da Coordenação Executiva do Prof. Ms. Alexandre Violante.
CENTRO DE ESTUDOS E PESQUISAS MARECHAL HORTA BARBOSA DE ESTUDOS DO NACIONALISMO sob a Coordenação do Prof. Dr. Raphael Carvalho.
LABORATÓRIO DEFESA E POLÍTICA[S] soba Coordenação do Prof. Dr. Marcio Rocha.
GRUPO DE PESQUISA DEMOCRACIA, FORÇAS ARMADAS, ESTADO E SOCIEDADE, sob coordenação do Prof. Dr. Eduardo Heleno
GRUPO DE PESQUISA “SEGURANÇA E DEFESA NAS AMÉRICAS (SeDeAMERICAS)” sob a coordenação do Prof. Dr. Thiago Rodrigues e do Prof. Dr. Tadeu Morato.
LEPEB – LABORATÓRIO DE ESTUDOS SOBRE A POLÍTICA EXTERNA BRASILEIRA, soba Coordenação do Prof. Dr. Adriano de Freixo.
LEPIN – LABORATÓRIO DE ESTUDOS EM POLÍTICA INTERNACIONAL, soba Coordenação do Prof. Dr. Victor Leandro Chaves Gomes.
